ההבדל הגדול ביותר בין מרכזי עיבוד למכונות כרסום CNC טמון במגזיני הכלים ובמנגנוני החלפת הכלים שלהם. סוגים נפוצים של מגזיני כלים במרכזי עיבוד כוללים-סוג דיסק, סוג-כיפה וסוג-שרשרת. שיטות החלפת כלים במרכזי עיבוד כוללות החלפת כלים רובוטיים והחלפת כלי ציר. כתבי עת לכלים מסוג-דיסק וסוג-שרשרת משתמשים בדרך כלל בהחלפת כלים רובוטיים, בעוד שבמגזינים מסוג -כיפה משתמשים בדרך כלל בהחלפת כלי ציר.
שיטות בחירת הכלים במגזין הכלים כוללות בחירת כלים רציפה ובחירת כלים שרירותית. הראשון כרוך בהתקנה ברצף של הכלים הנדרשים במחזיקי הכלים לפי רצף עיבוד שנקבע מראש. במהלך החלפת הכלים, מגזין הכלים מסתובב ברצף. שיטה זו פשוטה לשליטה ולתנועת מגזין הכלים, אך היא חסרה גמישות ונעשה בה שימוש נדיר בשנים האחרונות. האחרון כרוך בעיקר בקידוד מחזיקי הכלים במגזין הכלים, וכלי ה-CNC בוחר את הכלי על סמך הכתובת המקודדת. שיטה זו נמצאת בשימוש נרחב.
כתבי עת של כלי בחירת כלים שרירותיים מחולקים עוד יותר לכתבי עת קבועים של כלי כתובות- ולמגזינים של כלי כתובות- אקראיים המבוססים על שיטות קידוד הכלים השונות. מגזינים לכלי כתובות- קבועות מאחסנות כלים במיקומים עם אותם מספרי מחזיקי כלים קבועים. כלים שנשלפו מהמגזין מוחזרים למחזיקי הכלים המקוריים שלהם לאחר השימוש, מה שמבטיח שמספר הכלי ומספר מחזיק הכלי נשארים עקביים. מפעילים יכולים לעקוב אחר מצב טעינת הכלי בכל עת ולכתוב ישירות הוראות T- בתוכניות עיבוד המבוססות על הפצת הכלים. כתבי עת לכלים מסוג Hat- משתמשים לעתים קרובות בבחירת כלי כתובות קבועות. מגזיני כלי כתובות{11} אקראיים מאחסנים מספרי כלים ומספרי מחזיקי כלים, כך שהמערכת שומרת על טבלת כלים המאחסנת את הקשר בין מספרי הכלים למספרי מחזיקי הכלים המתאימים להם. לאחר כל שינוי כלי, הקשר בין מספר כלי-מספר מחזיק הכלי משתנה, אך שינוי זה נזכר בטבלת הכלים. פקודות בחירת הכלים יכולות לבחור כלים על סמך מספר מחזיק הכלי המתאים לכלי בטבלת הכלים (שים לב שפקודות בחירת הכלי בתוכנית עדיין מציינות את מספר הכלי). יתר על כן, אופרטורים יכולים לבצע שאילתות בטבלת הכלים בכל עת ולערוך ולשנות אותה בעת הצורך. כתבי עת לכלי-סוג ושרשרת-דיסקים משתמשים לעתים קרובות בבחירת כלי כתובות אקראית-.
מגזינים של כלי-כובע הם בדרך כלל קטנים יותר, מה שמאפשר לטעון כלים באופן ידני ישירות למחזיקי הכלים המתאימים להם. עם זאת, רוב מגזיני הכלים נטענים באופן ידני על הציר, ולאחר מכן נטענים לתוך המגזין באמצעות פקודת שינוי כלי. פעולת טעינת הכלי היא כדלקמן:
1) תחילה בצע את TxxM06, כאשר x הוא מספר הכלי שיש לשנות.
2) טען ידנית כלי מספר x על הציר.
חזור על הפעולה לעיל כדי להמשיך בטעינת הכלים.
תהליך החלפת הכלים במרכז עיבוד כולל בדרך כלל שתי פעולות-בחירת כלי ושינוי כלי, המתאימות לפקודת בחירת הכלים Txx ופקודת החלפת הכלים M06, בהתאמה. ניתן להשלים את בחירת הכלים והחלפת הכלים במקטע תוכנית אחד או להפיץ אותו על מקטעי תוכנית שונים; האחרון יכול לשפר את יעילות העבודה.
יש לציין כי מגזיני כלים במרכזי עיבוד שבבי מיוצרים בדרך כלל על ידי חברות מתמחות, ושיטות בחירת הכלים ושיטות החלפת הכלים ותבניות הפקודות שלהם תלויות בעיצוב הן של יצרן מגזיני הכלים והן של יצרן כלי המכונה. לכן, שיטות בחירת הכלים והחלפת הכלים של מגזין הכלים חייבות להתבסס על מדריך ההפעלה של יצרן כלי המכונה.
מיקום החלפת הכלים במרכז עיבוד הוא בדרך כלל קבוע יחסית. זה יכול להיות מוגדר בנקודת ייחוס על ציר Z- (אשר ניתן להחזיר באמצעות פקודת G28), או שהוא יכול להיות מוגדר במיקום ייעודי (בדרך כלל מוחזר באמצעות פקודת G30).
